一、审计准备阶段
（一）确定审计项目
依据学校科研工作重点、学校要求或科研项目管理中存在的问题，确定需要审计的科研项目，明确审计目标。
（二）组建审计小组
审计工作人员成立审计小组，明确各成员在审计工作中的职责。
（三）收集资料
向科研管理部门、项目承担单位及财务部门收集被审计科研项目的立项申请书、任务书、预算书、经费到账凭证、支出票据、中期检查报告、结题报告、科研成果证明等资料。
（四）制定审计方案
根据收集的资料，结合审计目标，确定审计范围、重点、方法和时间安排，制定详细的审计实施方案，明确审计工作步骤和要求。
二、审计实施阶段
（一）项目立项与预算审计
审查科研项目立项是否符合规定程序，立项依据是否充分；检查项目预算编制是否科学合理，各项经费支出标准是否符合相关规定，预算调整是否履行审批手续。
（二）经费使用审计
核查科研经费的收入和支出情况，检查经费是否专款专用，有无挪用、挤占科研经费的现象；审查经费支出票据的真实性、合法性和完整性，是否存在虚列支出、超标准开支等问题；关注间接费用、管理费等提取和使用是否合规。
（三）项目实施与进度审计
检查科研项目是否按照任务书约定的内容和进度实施，是否存在拖延或停滞现象；核实项目实施过程中的实验记录、数据采集等是否真实、完整；评估项目阶段性成果与项目进度的匹配性。
（四）科研成果审计
审查科研成果的真实性和有效性，如论文、专利、著作等是否与项目相关，是否存在抄袭、造假等学术不端行为；检查科研成果转化情况，评估成果转化产生的经济效益和社会效益。
（五）审计取证
对审计过程中发现的问题，收集相关证据，包括文件、合同、凭证、记录等，并形成审计工作底稿，由相关人员签字确认。
三、审计报告阶段
（一）撰写审计报告初稿
审计小组根据审计工作底稿，整理审计发现的问题，对科研项目进行客观评价，提出针对性的审计建议，撰写审计报告初稿。
（二）征求意见
将审计报告初稿发送给项目承担单位和相关人员，征求他们的意见和建议。对合理的意见进行采纳，修改审计报告。
（三）审核签发
审计小组对修改后的审计报告进行审核，报审计部门负责人审批后，正式出具审计报告，并送达学校科研管理部门、项目承担单位及相关领导。
四、审计整改阶段
（一）督促整改
审计部门督促项目承担单位针对审计发现的问题制定整改方案，明确整改措施、责任人和整改期限，并跟踪整改进度。
（二）后续审计
在规定的整改期限结束后，对项目承担单位的整改情况进行后续审计，检查整改措施是否落实到位，问题是否得到有效解决。
（三）资料归档
将审计过程中形成的所有资料，包括审计方案、工作底稿、审计报告、整改资料等进行整理归档。
